1. Først aktiveres det medfødte immunforsvaret. Dette skal forhindre spredning av smittestoffer.
2. Deretter setter det spesifikke immunforsvaret i gang. Her er det «spesialagenter» som har lært seg å kjempe mot én bestemt bakterie eller virus.

Det spesifikke immunforsvaret er kraftig, men det bruker litt tid på å komme i gang. Hver av celletypene kan kun bekjempe én type infeksjon. Når kroppen oppdager en ny inntrenger, må den finne de riktige cellene, før den kan klargjøre dem til kamp. Dette kan ta opptil en uke, og i mellomtiden kan du bli ganske dårlig.

I 2019 mente Verdens helseorganisasjon (WHO) at motstanden mot vaksinering var en av de største truslene mot global folkehelse. Vaksiner har reddet flere liv enn noe annet. Globalt reddes hvert år omkring 2–3 millioner menneskeliv.

De fleste vil oppleve bivirkninger som trøtthet, hodepine, kvalme og feber de første dagene etter vaksinasjon. Noen svært få opplever et allergisjokk etter vaksinering. Dette kommer ganske raskt, og derfor bør de som vaksineres holdes under oppsyn i minst 20 minutter etter vaksinering.

11. mars 2021 valgte Danmark å pause all vaksinering med AstraZeneca-vaksinen. Den hadde forårsaket blodpropp og dødsfall hos en vaksinert person. Norge pauset vaksineringen samme dag, og flere europeiske land fulgte etter. 17 millioner har fått vaksinen, og 37 mennesker har fått blodpropp i tiden etter.